历经很多年的广泛应用，中小型锅炉具有的烟气脱硫除尘技术也在不断的发展与完善，其工艺系统以及技术水平都   大的创新以及提高。然而在实际使用的时候，还会存在很大问题。
(1)总体而言，装置的脱硫效率较低，与此同时处理产生的泥浆的操作也非常复杂与困难，易导致二次污染。
(2)出现严重的结垢情况。除尘脱硫一体化的装置，特别是当脱硫剂选定位石灰的石灰，就会出现   加严重的结垢现象。经常会出现系统堵塞，从而对系统的正常运行产生阻碍。在理论上而言，如果浆液的pH值增大，可以使得脱硫效率大大增强，然而这样也会在   短的时间内迅速结垢，从而堵塞管道。
(3)出现严重的腐蚀现象。例如水蒸气以及烟气里的SO2会发生相互反应，从而产生业硫酸，这样就会在大程度上腐蚀设备以及管道。假如没有使用科学、的材料，也会在短期内出现由于腐蚀导致的穿透现象，使得脱硫除尘工艺系统无法有序、稳定的运行。
(4)脱硫装置会耗费非常多的水资源。由于蒸发比较厉害，所以需要补充很多的洗涤水，难以的利用循环水，于是造成水资源的巨大浪费。